آرامگاه شیخ صدوق در گذر زمان به خاطر حمله مغول و جنگ‌های خوارزمشاهیان و تیموریان و همچنین به علت حوادث مختلف چندین مرتبه خراب و ویران شده و سال‌ها در زیر توده‌های خاک پنهان شده بود؛ به‌گونه‌ای که در زمان فتحعلی‌شاه در سال 1238 روی آن را کشتزار و باغی فراخ به نام «باغ مستوفی» پوشانده بود ولی در آن سال باران زیادی بارید که بر اثر آن، سیل عظیمی‌آمد و تمام زمین‌های کشاورزی و باغ‌های اطراف شهر ری را آب فرا گرفت و بعضی از مناطق را تخریب کرد.
بر اثر‌‌ان‌حادثه، اطراف مزار شیخ صدوق نیز فرو ریخت و شکافی ژرف در کنار آن پدید آمد.
هنگامی‌که به اصلاح و مرمت این قسمت مشغول بودند، سردابی ظاهر شد که آب، قسمتی از آن را تخریب کرده بود.
وقتی که برای بازرسی و جست‌وجو به آنجا وارد شدند، جسدی را مشاهده کردند که تمام اعضای بدنش سالم و تازه به نظر می‌رسید و هیچ‌گونه عیب و نقصی در آن دیده نمی‌شد و با صورتی نیکو آرمیده بود و هنوز اثر حنا بر ناخن‌هایش مشهود بود.
ناخن‌های یک دست را گرفته و ناخن دست دیگر را نگرفته بود. ریشش روی سینه‌اش ریخته شده بود و بدن چنان سالم و تازه بود که چنین به نظر می‌آمد تازه از حمام بیرون آمده است و فقط رشته‌های نخ پوسیده کفن که از هم گسسته شده بود در اطراف جسد روی خاک ریخته بود.
این خبر به سرعت در شهر ری و تهران پیچید تا آنکه به گوش فتحعلی‌شاه قاجار رسید. وی دستور داد سرداب را نپوشانند تا او شخصا جسد را ببیند. شاه به همراه گروهی از علما و افراد سرشناس و صاحب نفوذ که در بین ایشان مرحوم حاج آقا محمد آل آقا کرمانشاهی و مرحوم میرزا ابوالحسن جلوه، حکیم گرانمایه آن روزگار و مرحوم آیت‌الله ملا محمد رستم‌آبادی و مرحوم علامه سید محمود مرعشی نجفی (پدر آیت‌الله مرعشی نجفی) حضور داشتند، برای بررسی وضعیت در منطقه حضور پیدا کردند و وارد سرداب شدند و پس از سالم یافتن پیکر و تایید اصل قضیه، برای شناسایی جسد، شروع به بررسی و جست‌وجو کردند.
با جست‌وجو و بررسی‌های انجام شده در سرداب، متوجه لوح و سنگ قبری شدند که روی آن چنین نوشته شده بود:
«هذا المرقد العالم الکامل المحدث، ثقة المحدثین، صدوق الطایفه، ابو جعفر محمد بن علی بن حسین بن موسی بن بابویه قمی»
پس از بررسی‌های کامل و پیدا شدن این سنگ‌نوشته و تایید علما و امینان مردم، در صحت و شناسایی جسد شیخ صدوق جای هیچ‌گونه تردیدی باقی نماند.
پس دستور داد سرداب را بازسازی کنند، در آن را ببندند، حفره پدید‌آمده را مرمت کنند و بنایی مناسب بر آن بسازند و به بهترین وجه، تزیین و آینه‌کاری کنند.
مرحوم آیت‌الله مرعشی نجفی، کلامی‌را نیز در این‌باره چنین بیان می‌دارند که « مرحوم پدرم، علامه سید محمد مرعشی نجفی می‌فرمودند من دست آن بزرگوار را بوسیدم و دیدم که تقریبا پس از نهصد سال که از مرگ و دفن شیخ صدوق می‌گذرد، دست ایشان بسیار نرم و لطیف است»
منابع:
خوانساری در کتاب روضات، تنکابنی در کتاب قصص العلما، مامقانی در کتاب تنقیح المقال، خراسانی در کتاب منتخب التواریخ، قمی‌در کتاب فوائد الرضویه و رازی در کتاب اختران فروزان ری و همچنین در مقدمه کتب مرحوم صدوق، از جمله کتاب کمال الدین صدوق و مقدمه کتاب خصال صدوق، تفصیل این واقعه را نقل کرده‌اند.